Святитель Николай Японский прославлен Церковью в равноапостольном чине. Всего святых, прославленных в лике равноапостольных, около тринадцати человек. Это связанно с тем, что подвиг апостольства весьма труден.
Таким образом, Церковь поставила его в один ряд с великими просветителями прошлого, такими как: святые Кирилл и Мефодий, святая Нина, святой Климент Охридский и некоторые другие. И действительно, своей жизнью и трудами святой Николай уподобился названным святым. Как и святая Нина, он оставил родину и отправился проповедовать Христа в далекую языческую страну. Подобно святым Кириллу и Мефодию, он перевел богослужебные книги и Священное Писание для богослужения на японский язык. Также как и святой Климент, он стал Предстоятелем Церкви, устроенной его трудами.
Жизненный путь святого Николая Японского был определен Божиим призванием – он, один из лучших студентов Санкт-Петербургской Духовной Академии, имевший большие карьерные перспективы, почувствовал призыв Божий, и, оставив все, принял монашество и отправился в далекую страну. Япония встретила его и православную проповедь враждебно. Но святой Николай не опустил рук – он начал изучать японский язык, историю и культуру японского народа, так что через несколько лет перед ним открылась перспектива научной деятельности в Европе. Но он, даже не приняв этого всерьез, предпочел начать проповедь Православия в стране, где еще не были отменены антихристианские законы. Проповедь святого имела колоссальный успех – за несколько лет православная община в Японии достигла нескольких тысяч человек – следствием этого стало учреждение Русской Духовной Миссии в Японии. Трудами святого Николая Японская Церковь разрасталась и крепла. Именно в этот период были заложены основы православного духовного образования в Японии, равно как и соборное начало Японской Церкви. Но растущая Церковь нуждалась в Предстоятеле – и святой Николай, по воле Божией, принял и этот крест. Отныне все его силы, все движения его души, все помыслы принадлежали Японской Церкви. Для своей паствы он был не только начальствующим, но и любящим духовным отцом. Даже в тяжелейшее время Русско-японской войны он не оставил свою паству – его подвиг внушил уважение даже язычникам, скептически воспринимавшим все русское. Кончина святого Николая стала своеобразным торжеством Православия на японской земле.