Рюноскэ Акутагава родился 1 марта 1992 года в г. Токио, в районе Кёобаси-ку, Ирибунэ-чоо, в семье зажиточных родителей. Отец его – Кайзоо Ниихара – происходил из военного сословия. Восемнадцатилетним юношей, в 1876 году, К. Ниихара принимал участие в так называемом бунте Хаги. После усмирения бунта он бежал в горы Хаконэ, недалеко от Токио, и здесь занялся молочным хозяйством. Впоследствии он переехал в Токио и расширил свое предприятие, открыв две молочных фермы в Синдзюку и Ирибунэ-чоо. Мать Рюноскэ – Фуку – в девичестве носила фамилию Акутагава, происходя из старинной семьи Акутагава, несколько поколений которой служили при дворе сёогунов Токугава. При рождении Рюноскэ отцу его было 42 года, а матери – 33 года. Так как оба эти возраста суеверными японцами считаются «черными годами», – первый для мужчин, а второй для женщин, – то, чтобы не навлечь несчастья на новорожденного, на семейном совете было решено, в согласии с обычаем, считать младенца подкидышем. Рюноскэ был фиктивно подброшен к Асадзироо Мацумура, управляющему отделением молочной фермы отца в Ниппори.
На девятом месяце после рождения Рюноскэ мать впала в тихое помешательство, после чего Рюноскэ был передан в семью ее старшего брата Мичиаки Акутагава и был усыновлен последним. Район Хондзё-ку, где проживал М. Акутагава, особенно кварталы Сомнзо, Рёогоку, Оокавабата и др., до настоящего времени еще хранят облик городских улиц феодального Эдо. Здесь прошли детские годы Рюноскэ, в атмосфере старинного семейного уклада, царившего в доме приемного отца, и среди наполнявших отцовскую библиотечку старинных книг с фантастическими повестями о чудовищах и привидениях, во вкусе китайской литературы. К этим книгам и к чтению вообще Рюноскэ пристрастился с малых лет. Серенький пейзаж улиц Хондзё и жуткий фантастический мир, раскрывшийся ребенку из книг, оставили неизгладимый след в душе Рюноскэ и отразились в какой-то мере на всем его миросозерцании.
С шести лет он был отдан в детский сад при начальном училище Коотоо, которое находилось рядом со знаменитым буддийским храмом Экооин, а с семи лет Рюноскэ начал ходить и в самое училище. Учился он успешно, но не отличался хорошим здоровьем: был слабосилен, тщедушен, истеричен, часто доходил до состояния, называемого в просторечье «родимчиком». К здоровым физически Рюноскэ питал поэтому зависть, граничившую с ненавистью, в чем он сам признавался.