В средневековой Японии, во времена феодальной раздробленности (эпоха Сэнгоку-дзидай 1467—1603 гг.) вызванной кризисом сёгуната Асикага, когда между крупнейшими феодальными домами шла нескончаемая война за территории и политическое влияние, каждый князь имел в своём подчинении группы специалистов по разведывательной и диверсионной деятельности. Они путешествовали по всей Японии и проникали во владения враждебных князей под видом бродячих монахов, купцов и простолюдинов, по крупицам собирали сведения о различных провинциях, создавали сети осведомителей из местных крестьян, внедрялись в свиту военачальников и следили за передвижением вражеских войск, сеяли слухи среди простолюдинов, подбивая их к мятежу, устраивали диверсии и похищали ценные документы. Изредка они использовались и как наёмные убийцы, ибо могли незаметно проникать в строго охраняемые замки и так же незаметно уходить, не оставляя никаких следов своего присутствия.
Иногда эти группы создавались из ближайших вассалов князя, отличавшихся своей верностью и имевших навыки и способности необходимые для такого рода деятельности. Но чаще всего подобных специалистов нанимали у нескольких десятков семей мелкопоместных феодалов (дзидзамурай), проживавших в провинции Ига и в уезде Кока провинции Оми. В этих семьях, в силу исторически сложившихся условий, было разработано особое воинское искусство, включавшее в себя теорию ведения тайной войны и изощрённые методы подготовки лазутчиков. В разные исторические периоды и в разных школах, это искусство называлось по-разному: в Накагава-рю оно называлось ин-дзюцу («иньское», «тёмное искусство»), в Ёсицунэ-рю оно называлось сэтто-дзюцу (букв. «искусство кражи»), в Ходзё-рю – гунъё кантё-дзюцу («искусство использования разведчиков [во время] войны»), но чаще всего использовался термин синоби-но дзюцу. Современное прочтение этих иероглифов – ниндзюцу. Как уже следует из названий, присвоенных этому искусству, ниндзюцу являлось системой сбора разведывательной информации, совокупностью методов тайного проникновения к противнику, стратегий ночных атак (ёути), и способов введения противника в заблуждения.
Человек, владеющий искусством ниндзюцу, называется – ниндзя. Благодаря массовой культуре, это слово стало известно во всём мире. Однако не все знают, что оно появилось лишь в ХХ веке. Слово «ниндзя» – это онное чтение иероглифов «синоби-но моно» (т.е. «скрывающийся человек»), и именно так в старину называли людей этой профессии. Слово «синоби-но моно» впервые встречается в «Повести о Великом мире» («Тайхэйки»), написанной монахом Кодзима-хоси в XIV веке. Произведение рассказывает о борьбе императора Годайго с узурпаторами из клана Ходзё, описывает подвиги знаменитого полководца Кусуноки Масасигэ, служившего императору, и возможно впервые, в японской литературе, упоминает о действиях синоби-но моно.
