Университет в Петрограде после революции переживал унылые, беспросветные времена.
Еще в августе 1918 года Ухтомский опасался, что росчерком всевластного и невежественного пера может быть уничтожена университетская автономия. В ноябре, правда, писал А. Платоновой спокойнее: «В Университете у нас большевистские порядки сказываются пока мало, – течение жизни почти прежнее. Однако в будущем ожидаются перемены, переизбрания на места и т. под. Должны быть потрясения для многих. Что касается меня, то уповаю на милость Божию и на Его Святую Волю. Я сжился с Университетом, для меня бы была чужда и трудна всякая другая служба. И многого, пожалуй, не удалось осуществить из того, что хотелось сделать и написать, если б судьба велела мне покинуть Университет…»
О тогдашнем житье-бытье Ухтомского вспоминала его ученица Анна Коперина-Казанская. Она девятнадцатилетней девушкой в 1921 году приехала к нему из Рыбинска с надежной рекомендацией и поступила на биофак Университета. По ее словам, Алексей Алексеевич жил на своей «вышке» совершенно затворнически. Дома у него отсутствовал не только телефон, – сама мысль о котором повергала хозяина в ужас, – но не было и входного звонка, дверь открывалась на условный стук… В большей из двух комнат царила неразбериха. На полу кипами лежали книги, убирать их или стирать пыль с них категорически воспрещалось. Зато в соседнем кабинете, куда заглядывать разрешалось лишь при крайней необходимости, соблюдался идеальный порядок, и шкафами была выгорожена молельная – с иконостасом, аналоем, всегда раскрытой книгой на нем.
В летние месяцы 1922 года Ухтомский с группой учеников организовал студенческую практику в Новом Петергофе, в недавней царской резиденции – Александрии. А. Казанская вспоминала, как студенток поместили в бывшем корпусе фрейлин около дворца, в роскошном парке неподалеку от моря; как с утра до позднего вечера они не покидали физиологическую лабораторию, экспериментировали на лягушках и моллюсках; как впервые именно здесь услышали от Алексея Алексеевича о законе доминанты – их практические задания все посвящались этой проблеме; как по воскресеньям устраивали прогулки по великолепным окрестностям, а вечерами в гостиной затевали игры, и Ухтомский отнюдь не избегал в них участвовать: «Для него откровением была и новая поэзия, и песенки Вертинского, и в том, как он все это воспринимал, чувствовалось, как еще он был молод…»