Органы государственной безопасности на протяжении практически всего периода советской истории играли особую, активную и нередко зловещую роль в церковно-государственных отношениях. В определенные периоды именно профильные контрразведывательные подразделения ОГПУ – НКВД – НКГБ – МГБ – КГБ (Объединенное государственное политическое управление при Совете народных комиссаров СССР, 1922–1934; Народный комиссариат внутренних дел; Народный комиссариат государственной безопасности; Министерство государственной безопасности; Комитет государственной безопасности при Совете Министров СССР) выступали ведущим инструментом либо подавления религиозной жизни, незаконных репрессий по отношению к «служителям культа» и верующим различных конфессий, либо жесткого контроля со стороны государства и активного вмешательства в жизнедеятельность религиозной сферы советского общества.
Существование мощной государственной машины по преследованию религии и насаждению безверия (от сети кафедр «научного атеизма» и до специализированных подразделений одной из самых сильных в мире спецслужб) удивляла даже убежденных марксистов и верных союзников СССР. В этой связи показательно свидетельство одного из руководителей внешней разведки КГБ Николая Леонова[1], который тесно общался с лидером революционной Кубы Фиделем Кастро: «У Фиделя Кастро, воспитанника католических колледжей… спросил: как у тебя увязывается и то, и другое? Он говорит: знаешь, одна только партия, КПСС, в своих уставах писала, что член партии обязан быть научным атеистом, никто больше такого в уставах не писал – ни французы, ни итальянцы, ни кубинцы. Они говорят: наоборот, Иисус Христос в свое время был проповедником очень многих морально-нравственных ценностей, которые потом унаследовала партия». В современных же условиях, подчеркнул ветеран тайного фронта, общество «объединяет только одно – наша вера православная»[2].
Органы госбезопасности долгое время выступали ведущим инструментом политики государства в религиозной сфере, их служебные приоритеты и тактика оперативной работы решающим образом определялись директивными установками Коммунистической партии и правительства СССР. Именно органы ВЧК – ОГПУ – НКВД стали непосредственными и ведущими исполнителями жутких физических репрессий 1920–1930-х гг., унесших лишь в Православной церкви жизни свыше 150 архиереев и десятков тысяч священнослужителей, не поддающегося учету количества истинно верующих мирян. Печальную известность получили инспирированные «чекистами-религиоведами» расколы в православии (обновленческий, автокефальный, «лубенский» и др.), причем сами организаторы и активисты раскольнических движений вскоре пополнили мартиролог жертв незаконных репрессий, лишились свободы или бежали за рубеж.