Семья, в которой родился будущий святой, принадлежала к высшим слоям общества. Отец мальчика, Секунд, занимал высокую воинскую должность. Он очень ждал рождения сына, но, к сожалению, не смог воспитать его до совершеннолетия. Секунд умер, когда Иоанн был еще совсем ребенком. Мать Еввула, оставшись вдовой в юном возрасте, всю свою любовь отдала сыну. Она воспитывала мальчика в духе христианского благочестия.
В те времена дети из знатных семей должны были получить соответствующее статусу образование. Анфуса отдала сына философу Андрагафию и софисту Ливанию, лучшим учителям по красноречию и философии. Ученик схватывал знания на лету, чем вызывал не только восторг, но и особое уважение своих наставников.
В восемнадцать лет мать отправила Иоанна в Афины для усовершенствования полученных знаний. И здесь юноша вскоре превзошел своих товарищей. Отличался Иоанн умом и жаждой знаний, а поведение его оставалось достойным наследования.
Жил в те времена в Афинах философ Анфимий. Он завидовал доброму нраву и хорошей славе Иоанна. Поэтому при любом поводе старался досадить ему колкостью или укором. Как-то раз молодые люди вели разговор о Боге. К ним подошел Анфимий и стал злословить Христа. Он изрыгал хульные слова и язвил, стараясь как можно сильнее досадить Иоанну. В один миг Господь посрамил хулителя. На гордого философа напал злой дух. Он стал корчиться, биться о землю, а изо рта его текла пена.
− Помогите, − стали звать на помощь находящиеся рядом люди.
− Иоанн, помоги этому несчастному, − просили благочестивого юношу его товарищи, − помолись Богу, пусть подаст ему избавление.
− Нет, − отозвался Иоанн, − он не исцелится, пока сам не исповедует Христа.
− Исповедую, − еле шевеля губами, промолвил хулитель, − исповедую, что ни на земле, ни на небе нет других богов, кроме Бога христианского.
Как только Анфимий произнес эти слова, припадок закончился и он встал здоровым.
− Велик Бог христианский, − только и слышно было вокруг.
− Прости меня, Иоанн, − бывший соперник протянул руку, − что дальше повелишь мне делать?
− Иди к епископу и крестись.
Не только Анфимий, но и все семейство его, а также многие знатные граждане города крестились в тот день. Иоанн много дней после этого беседовал со своим бывшим соперником, наставляя того в вере. Узнав, что через этого благочестивого юношу многие язычники обратились к вере, епископ пожелал видеть Иоанна своим преемником, так как сам был лет преклонных. Однако будущий святой еще не был готов к столь ответственному служению. Поэтому, закончив учебу, он вернулся в Антиохию.