Менее чем через год после окончания Великой Отечественной войны органы госбезопасности СССР подверглись очередной реорганизации. Приказом НКГБ СССР № 00107 от 22 марта 1946 года в соответствии с постановлением Верховного Совета СССР от 15 марта 1946 года НКГБ СССР был преобразован в Министерство государственной безопасности СССР. Соответственно были преобразованы и местные управления и отделы НКГБ – в управления и отделы МГБ.
4 мая 1946 г. сменилось руководство МГБ: новым министром вместо В. Н. Меркулова стал начальник Главного управления контрразведки СМЕРШ генерал-полковник Виктор Семенович Абакумов. При этом была проведена реорганизация, затронувшая и разведку: 1-е Управление МГБ было развернуто в Главное управление.
Для понимания складывающейся в спецслужбах ситуации необходимо коснутся происходивших в то время в Кремле и на площади Дзержинского подковерных политических интриг. Меркулов относился к числу давних соратников Л. П. Берия и его отставка являлась одним из ходов в борьбе между 1-м секретарем Ленинградского горкома и обкома и секретарем ЦК ВКП(б) А. А. Ждановым и тандемом Берия и Маленкова. Новый министр Абакумов, хоть сам и не входил в число людей Жданова, но был в плохих отношениях с Берия.
1-е Управление, ставшее Главным, увеличило свой штат, в его составе появились Управления – так, был преобразован в Управление отдел нелегальной разведки, несколько изменилась специфика работы разведчиков «в поле», которые столкнулись с более жестким контрразведывательным режимом. Для наглядности, приведем новую структуру и кадровый состав:
Начальники Главного управления – П. Н. Кубаткин (15.6–9.9.46), П. В. Федотов (9.9.46–30.5.47)
Заместители начальника: Г. Б. Овакимян (22.5.46–25.6.47), А. М. Коротков (22.5.46–25.6.47), П. П. Тимофеев (22.5.46–25.6.47), А. П. Волков (26.11.46–25.6.47).
Заместитель начальника – представители 1-го ГУ в Берлине: В. Е. Зарелуа (27.6.46–19.6.47)
Заместитель начальника – представители 1-го ГУ во Львове: М. И. Белкин (27.6.46–19.6.47)
Заместитель начальника – представители 1-го ГУ в Баку: П. М. Журавлев (27.6.46–25.6.47)
Секретариат – А. И. Боханов, с 01.47 – Ф. К. Пильнов
