Отец Фома родился в середине пятидесятых на Урале в семье рабочего. Окончил среднюю школу, потом зооветтехникум. Каким-то чудом поступил в Московскую консерваторию, но после второго курса ушел в Ветеринарную академию им. Скрябина, по окончании которой был зачислен на должность научного сотрудника во Всесоюзный научно-исследовательский институт ветеринарной энтомологии. Потом защитил кандидатскую диссертацию, стал старшим научным сотрудником.
В августе 1992 года он принял постриг с именем Фома. В этом же году рукоположен в сан диакона, в следующем, на Рождество, – в сан иеромонаха. В 1995 году возведен в сан игумена. О нем я впервые услышал от диакона Николая: «Мал золотник, да дорог». Сказал он это, как будто забивал гвоздь в гроб невидимого противника, который, видимо, имел в виду «мал клоп, да вонюч». Почему, я понял, только оказавшись в Крестовоздвиженском храме на вечернем богослужении. Это было как раз время, когда я остался без своего первого «молчаливого» духовника и, окормляясь книгами митрополита Сурожского Антония, молился и искал себе духовного наставника. То, что я увидел в храме, вызвало во мне самые сильные чувства. После милой и ухоженной, домашней Всесвятской церкви меня встретила «мерзость запустения». Основной неф был весь разбит: его когда-то разделили на два этажа и сделали здесь танцульку студклуба строительного института. Кругом валялись бутылки, мусор, в алтарной части стоял сломанный грузовик на спущенных шинах. Служба проходила в соседнем малом Никольском приделе. Впотьмах стояли мужики и женщины со свечами в руках. Было жутко холодно, потому что отопление не работало, не было электричества. И вот на солее появляется невысокого росточка священник, у которого под фелонью и ризой явно было не менее пары свитеров, с редким голосом – контртенором, соединяющим самый низкий женский и самый высокий мужской тембры. Голосом, звучащим остро, как самые позывы совести, возглашает: «Благословенно Царство Отца и Сына и Святого Духа». И вся церковь ответствовала не менее огненно: «И ныне и присно, и во веки веков!» Я был потрясен. Где я? Не в катакомбах ли первых христиан?
Родился он в деревне под Тобольском. Прихожане говорили, что родителям не нравилось его хождение в церковь. К церкви его приучили старики. Часто он на покосе много слушал от старших людей про Бога. Много рассказывал и родной дед, с которым они лопатами копали карасей в речном иле, когда старицы пересыхали по осени.