Виктор Борисович Вургафтик родился в Киеве в 1935 году. Его родители были евреи из бедных семей, получившие высшее образование. Отец, Борис Самойлович Вургафтик, всю жизнь преподавал математику. Мать, Раиса Семёновна Грановская, были химиком-технологом. Незадолго до немецкой оккупации Киева семье удалось эвакуироваться. Отец Виктора Борисовича был призван в армию и дошёл до Германии. Вскоре после войны семья вернулась в Киев.
Школу В.Б кончил с золотой медалью, однако путь в университет ему как еврею был закрыт. Ради основательного курса физики, которая в те годы неудержимо влекла его, В.Б. поступил в Киевский Политехнический институт на факультет сварки, но никогда не работал по специальности. Второе высшее образование он получил, заочно окончив физико-математический факультет Борисоглебского педагогического института, что дало ему возможность зарабатывать на жизнь преподаванием физики и математики.
Круг его интересов определился ещё в школе: он увлекался русской классической литературой и физикой. Однако ещё мальчиком В.Б. присматривался и к философии, которая с годами стала занимать его всё сильнее и наконец решительно вышла на первое место, оттеснив все другие занятия.
Подобно многим детям, В.Б. увидел себя однажды перед несомненным фактом: наступит день и он – рано или поздно – умрёт. Это привело его в нестерпимый ужас, от которого мальчик не уклонился, который не затолкал в подсознание, но принялся внимательно всматриваться в него. Можно сказать с уверенностью, что этот ужас определил всю его последующую жизнь.
Наступит день, и В.Б. начнёт рассказывать родителям – и не только родителям – о Христе. Но до этого ещё далеко, а впереди – долгие годы неотступных поисков бессмертия, жажду по которому, а, значит, и неосознанную веру в него В.Б. получил ещё ребёнком.
Родители В.Б. не были, строго говоря, советскими людьми, особенно отец, который вскользь мог заметить десятилетнему сыну, что Сталин сумасшедший или что демократия не у нас, а в Америке. Глубоко порядочные люди, они дали сыну не религиозное, но исключительно нравственное воспитание. Что касается Бога, то ещё мальчиком В.Б. усвоил: еврейский Бог суров и жесток, а христианский, напротив, милосерд. И это как-то уживалось с рассказами о погромах. С бытовым антисемитизмом В.Б. сталкивался мало, зато официальный всю жизнь вставлял ему палки в колёса, и где бы В.Б. ни работал, он всегда оставался на последних ролях.