Евгений Львович Шифферс родился в 1934 году в Москве. По отцу он происходил из рода немецких дворян, поступивших в XIX веке на русскую службу, по матери – из армянского культурного рода Пирадянов (Пирадовых). Отец, Лев Владимирович, был дипломатом, потом переводчиком, мать, Евгения Васильевна, – актрисой, позднее служащей профсоюза работников культуры.
Л.В.Шифферс оказался в числе осужденных Постановлением ЦК 1946 года «О репертуарах драматических театров и о мерах по его улучшению» и лишился работы. Семья жила в бедности.
Поступив по окончании школы на факультет журналистики МГУ, Евгений из-за тяжелого материального положения семьи вынужден был уйти из университета и поступить в артиллерийское училище. После училища – двухлетняя служба в армии. Во время службы на Урале Шифферс женился.
В ноябре 1956 г. оказался в Венгрии, в составе советских войск, направленных на подавление мятежа; был там контужен. В декабре родилась дочь Елена.
В 1958 году Евгений Шифферс был демобилизован по состоянию здоровья – в звании лейтенанта.
В этом же году он поступил в Ленинградский институт театра, музыки и кино. Окончил его в 1964 году по классу Георгия Товстоногова.
Поставил на разных театральных площадках Ленинграда несколько спектаклей, ставших событием в театральной жизни города. Первым из них был спектакль «Сотворившая чудо» по пьесе У. Гибсона, дипломная работа Шифферса. Потом были «Антигона» Ж. Ануйя, «Ромео и Джульетта» Шекспира, «Маклена Граса» М. Кулиша, «Кандидат партии» А. Крона, «Что тот солдат, что этот» Б. Брехта.
Обвиненный партийным руководством в «формализме», Шифферс был лишен возможности работать в ленинградских театрах.
В 1966–1967 годах был снят фильм «Первороссияне», концепция и постановка которого целиком принадлежали Шифферсу (формально режиссером-постановщиком считался А.Г. Иванов). Новаторский по своей эстетике фильм также был не принят партийными кураторами кинематографа и на широкий экран не вышел.
С начала 1960-х годов Шифферс пишет художественную прозу (рассказы и повести, пьесы, сценарии) и театроведческие тексты. Во время съемок фильма написаны первые части большого и сложного по составу произведения, «романа» «Смертию смерть поправ».
В 1967 году не имеющий возможности работать в Ленинграде Е.Л.Шифферс переезжает в Москву. Здесь он пытается продолжать театральную работу – ставит в «Современнике» спектакль «Народовольцы» (совместно с О. Ефремовым), сотрудничает на Таганке с Ю. Любимовым и создает еще несколько не получивших сценического воплощения театральных проектов. Но и здесь, несмотря на неизменное восхищение профессионалов его театральным искусством, новаторство Шифферса, его непреклонно отстаиваемые мировоззренческие позиции не дают возможности реализовывать его планы. Последняя осуществленная Шифферсом театральная работа – спектакль «Прежде чем пропоет петух» в каунасском театре (1973).
